A livello generale la Capanna Margherita, sul Monte Rosa, è inserita geologicamente nell'ampio contesto delle Alpi, una catena montuosa che si è formata a seguito della collisione (durante l'Eocene) tra la placca africana e quella europea. La catena alpina è una struttura geologica a pieghe e sovrascorrimenti, suddivisa dalla letteratura in 4 domini paleogeografici: Sudalpino, Austroalpino, Pennidico ed Elvetico-Delfinese.
Scendendo più nel dettaglio, il Monte Rosa è un massiccio cristallino delle Alpi Nord-Occidentali ed appartiene al Dominio Pennidico. Le rocce che lo formano infatti sono caratterizzate da una profonda rigenerazione metamorfica e da numerose deformazioni duttili di età alpina.
Ancora più nello specifico si colloca nel Dominio Pennidico Superiore e fa parte dei Massicci Cristallini Interni, i quali derivano dal margine della placca europea e giacciono al di sotto delle unità oceaniche. Sulla Punta Gnifetti su cui è ancorato il rifugio, affiora il basamento del Monte Rosa, costituito in prevalenza da paragneiss e micascisit a biotite (rocce metamorfiche molto comuni nelle Alpi Occidentali). Non sono rare le intercalazioni di filoni granitici, molto più resistenti delle rocce circostanti.